Het Natuurhistorisch Museum Boekenberg bevindt zich in het Boekenbergpark te Deurne (Antwerpen), nabij de parkingang aan het kruispunt Menegemlei, Sint-Rochusstraat, Eksterlaar (tegenover Café Exter). Op het einde van de toegangsweg volg je de weg naar links.
Wie van de kant van de zwemvijver, het Paviljoen en speeltuin komt, volgt de zandweg naast de vijver tot aan de stenen rotsbrug.

Het museum bevindt zich in een 18de eeuws grottencomplex en is volgens de normen van die tijd gebouwd. De grot is toegankelijk via een relatief steile trap. Aangezien de grot beschermd is, kunnen er geen aanpassingswerken gebeuren om de toegankelijkheid te verbeteren. Hierdoor is het museum helaas niet toegankelijk voor rolstoelgebruikers.

Met het openbaar vervoer is het Boekenbergpark
te bereiken met

• tram 4 en tram 9 (halte Cruyslei of Eksterlaar, Deurne)
• bus 19 (halte Drakenhoflaan, Deurne)
• bus 20 (halte Boekenbergpark, Deurne)
• bus 31 (halte Unitaslaan, Deurne)